2023年国自然热点！已发6万+ SCI论文！

图1 Nature蛋白质组学三连发

一、为什么说现在是蛋白质组学应用的“黄金期”？

（1）蛋白质组学研究的重要性

蛋白质处于中心法则下游，是基因功能的最终执行者，实现了人体各种细胞之间的差异分工。蛋白质组学研究能让我们更直接观察到人体生理以及病理的变化机制，进而为疾病找到预防或治疗策略。因此，在基因-RNA-蛋白质的过程中，蛋白质组学视角一直是顶级期刊、基金资助以及临床研究的热点。

图2  中心法则

（2）蛋白组学论文质量高、增速快

以“proteomics”为关键词在Pubmed中进行检索发现，截止到2023年12月，蛋白质组学研究领域已发表了69,568篇论文，发文数量在过去的二十年间持续增长，2002年仅有655篇论文，2022年就已高达7,014篇。

图3 蛋白质组学2002-2022年发文数量

（3）蛋白质组学研究获得国自然基金委大力资助和重视

在国自然近十年的资助项目统计中，仅2022年，获资助蛋白质组学相关项目达3297个，其数量远超其他组学领域，且只有蛋白质组学项目数呈显著的上升态势。

二、如何做蛋白质组学研究？这些套路要知道！

（1）蛋白质组学研究基础思路

蛋白质组学研究的基本数据结果包含蛋白定量、关键蛋白筛选、功能注释分析三个部分。但仅靠这些已经难以发表文章，最好还能进行分子验证。

图7  蛋白质组学研究基础思路

图8  蛋白质组学研究基础思路案例

（2）蛋白质组学研究进阶思路

基础技巧对于科研新手或许足够了，但对于追求高水平论文的研究者来说还不够。那么如何利用蛋白质组学发表高分文章呢？小谱总结了三个套路（分子标志物、分子机制和资源数据库）供老师们参考。

图9  蛋白质组学进阶研究思路

分子标志物高分思路（一）

寻找分子标志物是临床蛋白质组学中常见的研究目的，诊断、预后以及疗效标志物对于临床预防和诊疗至关重要。科学严谨的标志物开发过程分为三个阶段：在小队列中发现——在更大规模的队列中验证——在超大队列中确认商业转化可能性和临床应用价值。

图10  利用蛋白质组学发现疾病标志物流程

图11  分子标志物研究案例

分子机制高分思路（二）

前面提到，蛋白质组学的基础结果中会包含差异蛋白筛选和功能注释分析的部分，基于这两部分的信息和验证结果，再结合每个课题组的前期基础和研究兴趣，可以进一步确定感兴趣的关键蛋白。随后针对这个目标蛋白进行分子机制的深入研究，常见的研究思路有三种：

① 研究有哪些蛋白与关键蛋白进行相互作用，通过互作蛋白提示感兴趣的关键蛋白参与了哪些分子复合物或信号通路，从而提示作用机制；

② 改变关键蛋白的表达模式（过表达或敲低/敲除），再通过蛋白质组学或修饰蛋白质组学分析，寻找关键蛋白的表达水平改变后影响了哪些下游蛋白或信号通路，从而揭示其与表型相关的分子机制；

③ 也可以关注蛋白本身，再深入研究蛋白的修饰变化情况。

图12  蛋白质组学分子机制研究通用流程

国自然在指南发布之前，这段时间内并不单单是依托单位组织几场动员会、专家评审的事情;而应该是包括申请人在内的多方的协同;当下，国家基金委正在成为全周期(本科生资助、博士生资助、常规资助)的项目申请基金;可以从国自然的影响力是越来越大，受众也越来越“广”，在年度申请中，已发布了相关的改革举措：国自然基金出台一系列改革举措，不断提升科学基金资助效能。全面深化改革是其重要举措;但导向只是手段，更多需要参与的“几方”(申请人、专家、单位、基金委、地方科技部门等)都能务实的沉淀下来，多方合作协同，才能构建真正的卓越的科学共同体。